房屋租赁合同不是万能书，如果忽视了部分条款签订，也会引发许多纠纷。
有的条款偏向出租方，承租方不能忽视。目前大家普遍采用的是上海市房屋土地资源管理局于2000年11间发行的《上海市房屋租赁合同(商品房预租)》，以此作为房屋租赁的示范合同文本(以下简称示范版合同)。智恒房产贺强指出，合同第2-1条只规定，乙方必须按甲方指定的房屋用途使用房屋，否则将作违约处理，但是丝毫没有规定甲方在乙方承租期间不得变动房屋用途(类型)的义务。在租赁市场中一般房屋的用途(类型)为住宅和商铺，用途(类型)的不同对承租方租赁该房屋所要达到的目的有重要影响。
比如承租某房屋为商铺用作经营的，若房屋用途(类型)从商铺被变更为住宅则会直接导致承租方无法取得政府有关方面的营业批准使经营不成。合同3-2条规定，乙方在租赁期限届满后需再行续租的则必须在租赁期限届满前数月向甲方书面要求，经甲方同意可订立续租合同。既然对乙方续租房屋的时间条件做了义务性的规定，那么对甲方也应当有相应规定，至少承租方据此可取得优先租赁权。合同10-1条规定，房屋交付时存在缺陷的出租方逾期不修复的，出租方同意减少租金并变更有关租金条款。
房屋交付时存在缺陷或造成交付未完全履行或造成承租方无法使用该房屋，是一种根本性的违约行为，应当适用违约金的规定，承担赔偿责任，但是出租方在合同中的义务仅为减少租金，减多少在多长期限内维持这个数额都没有规定，使甲方有了自由决定的权利，而乙方却既不能据此解除合同要求违约金，又无具体条款对减少租金的金额作出参照，一旦发生纠纷则乙方难以主张自己的权利。所以，承租方应对这些条款进行补充，防止发生损失。
合同有些格式条款不符合实际的租赁情况，租赁双方都要对部分条款进行修改。比如合同的使用者须按5-2条规定，将租赁房屋时的水、电、煤气、通讯、设备和物业管理费，选择出租方或承租方其中之一支付，但是在实际情况中这些费用某些可能由出租方承担，如物业管理费，某些可能由承租方承担，如房屋使用中的水、电、煤气等费用。合同的这种格式条款使人难以选择，必须另立条款。同样该条又规定“其他费用均由(甲方/乙方)承担。”这里的“其他费用”指的是哪些项目没有具体列明，这里需要租赁双方根据实际情况详细列出，以免今后为费用而发生扯皮。
